选择微波治疗仪时，可以考虑以下几个方面来进行比较和选择：

1. 治疗效果和功效： 不同的微波治疗仪可能有不同的治疗效果和功效。你需要根据自己或患者的具体情况，选择适合的治疗仪器。一些仪器可能特别适合用于肌肉骨骼疾病的治疗，而另一些则可能更适合于皮肤病的治疗。

2. 安全性和认证： 确保所选的微波治疗仪器符合安全标准，并且有相关的认证和资质。这可以通过查看产品的安全认证、使用说明书以及厂家的信誉来确认。

3. 操作便捷性和用户友好性： 选择操作简便、界面友好的微波治疗仪，这样使用起来更加方便，操作人员能够快速上手。

4. 价格和性能比较： 对比不同品牌和型号的微波治疗仪的价格和性能，选择在合理预算范围内性能较优的产品。不过要确保价格的同时不牺牲产品质量和治疗效果。

5. 用户评价和反馈： 查看其他用户的评价和反馈，了解不同产品的实际使用体验和效果。可以通过专业医疗设备的论坛、产品评论或者医疗机构的推荐来获取更多信息。

6. 售后服务和支持： 确保产品有可靠的售后服务和技术支持，这对于长期使用和维护至关重要。

综合考虑以上因素，可以更好地选择适合自己或机构需求的微波治疗仪。